Ersten Klavierunterricht erhielt er im Alter von 15 Jahren bei Frau Gertrud Maeder in Bad Bergzabern, die ihn schon zu Beginn nicht nur an die Grundkenntnisse im Klavierspiel, sondern auch an die Schönheiten der Vokal- und Kirchenmusik heranführte. So folgte bereits ein Jahr später der Unterricht auf der Orgel bei KMD Jürgen Sonnenschmidt mit paralleler Ausbildung als Kirchenmusiker bis zur abschließenden C-Prüfung.
Seit September 2003 ist Daniel Kaiser Organist an der Johanniskirche am Werderplatz in Karlsruhe.
Eingebunden in eine rege Konzerttätigkeit, auch an Klavier und Cembalo, debütierte er im Januar 2011 mit einem Orgelkonzert in der Kaiser-Wilhelm-Gedächtniskirche Berlin und im April 2011 folgte eine Konzertreise nach Toronto/Canada mit der Pfälzischen Kurrende unter der Leitung von Carola Bischoff. Mit diesem Ensemble erneut unterwegs, gab es im Jahr 2012 einige Konzerte beim International Guangzhou Choir Festival in China. Seit einigen Jahren bereits spielt Daniel Kaiser regelmäßig als Duo-Partner mit der russischen Pianistin Irina Loskova (Strasbourg) und ist Cembalist des „Ensemble Deluxe“ in Karlsruhe.